基于RNA-seq的香蕉枯萎病菌Cat1基因敲除突变体分析

本研究采用RNA-SEQ技术对cat1突变体株和Foc4野生型菌株株的转录组进行了比较和分析。探讨Cat1基因敲除对香蕉枯萎细菌转录组的影响。预测了2354个新转录本，其中1095个可以预测基因功能。Cat1基因敲除爆炸后，与野生型菌株相比，基因敲除突变体的基因表达发生了很大变化。GO在差异表达基因的功能丰富发现，差异基因表达主要反映在蛋白质复合物、细胞质成分、细胞蛋白质代谢、结合和转运活动中。KEGG分析发现，野生型菌株和差异表达基因的敲除突变体主要集中在核糖体合成和转运方面。香蕉处理后，差异表达基因集中在抗生素生物合成、次生代谢物生物合成和其他途径。Cat1基因敲除爆炸后，香蕉诱导的一些能量转运体、加氧酶和转移酶的活性增加，一些激酶、酶和蛋白酶的活性增加。Cat1基因敲除导致多种糖转运蛋白的表达显著下调，并极大地影响锌脂蛋白和细胞周期蛋白的表达，从而影响菌株的生命活动和致病性。在Cat1基因敲除后，其他过氧化氢酶类的表达量补偿性增加了，但SOD催化过氧化氢形成的表达也增加了，这可能是敲除突变体致病性减弱的原因之一。本研究为进一步揭示香蕉枯萎细菌的致病机制提供了理论依据。