基于GEO数据库芯片筛选胃肠间质瘤和胃平滑肌瘤差异基因及生物信息学分析

目的探讨胃肠间质瘤与胃平滑肌瘤的遗传差异，为今后的诊断和治疗提供帮助。方法通过基因表达综合数据库（GEO）和GSE63453的相关数据，比较胃肠间质瘤和平滑肌瘤的表达差异，选择miRNA作为基因本体（GO），选择京都作为基因和基因组百科全书（Kyoto、KEGG）。通过对差异表达基因的预测，确定目标基因的表型差异，并由GO和KEGG分析途径表达。建立蛋白质蛋白质相互作用网络图（PPI），并进行Hub基因筛查。并通过筛选临床样本进行验证。将筛选出的靶基因与免疫相关基因交叉，筛选出清晰表达的免疫相关基因，并阐明它们在免疫方面的差异。结果本研究共筛选了包括hsa和miR－133a－3p在内的12个不同的miRNA。通过GO和KEGG的两种生物信息学分析方法发现了胃肠间质瘤和平滑肌瘤在生物功能上的差异，通过数据库找到了这两种肿瘤中可能的靶基因，并建立了PPI网络图，筛选了包括PIK3CA和BDNF在内的10个Hub基因，通过对临床样本的检测，对关键基因进行了外部验证。最后，我们发现了胃肠间质瘤与胃平滑肌肿瘤之间的差异基因。结论胃肠间质瘤和平滑肌瘤之间存在遗传差异，可用于区分和治疗这两种肿瘤。